Magical Girl Site suit l’histoire de Aya Asagiri, une lycéenne maltraitée à la fois à l’école et à la maison. Désespérée et au bord du gouffre, Aya découvre un mystérieux site internet appelé « Magical Girl Site » qui lui offre des pouvoirs magiques. Cependant, ces pouvoirs viennent avec un coût terrible et plongent Aya dans un monde de violence, de mort et de désespoir.
En utilisant ses nouveaux pouvoirs, Aya se retrouve mêlée à d’autres magical girls, chacune avec ses propres capacités et histoires tragiques. Ensemble, elles doivent affronter des ennemis terrifiants et découvrir les sombres secrets derrière le site « Magical Girl Site ». Leur lutte pour la survie les pousse à remettre en question la véritable nature de leurs pouvoirs et les intentions du site mystérieux.
