Magical Girl of the End commence par une journée ordinaire pour Kii Kogami, un lycéen ordinaire. Cependant, sa vie bascule lorsque des magical girls sanguinaires et destructrices envahissent son école et commencent à massacrer ses camarades. Ces créatures, loin des clichés habituels de douceur et de bienveillance, apportent la mort et la terreur partout où elles passent.
Kii, accompagné de sa camarade de classe Tsukune Fukumoto et d’autres survivants, doit naviguer dans ce nouveau monde cauchemardesque, cherchant à comprendre l’origine des magical girls et à trouver un moyen de survivre. Ensemble, ils affrontent des dangers inimaginables et découvrent des vérités choquantes sur l’apocalypse qui les entoure.
Magical Girl of the End explore des thèmes de survie, horreur, surnaturel, et désespoir. Le manga combine des éléments d’action intense, de thriller psychologique, et de surnaturel, créant une atmosphère oppressante et captivante. Les lecteurs sont plongés dans un monde où chaque instant est une lutte pour la survie contre des forces inexplicables et meurtrières.